La operación Viena finalizó con la caída de la capital austriaca aproximadamente un mes después de su lanzamiento el día 16 de marzo. La tasa de bajas sufrida por ambos bandos refleja que la brutalidad de los combates que se desarrollaron en este período fue superior a los de la Operación Despertar de Primavera. Solo las pérdidas de los 2.º y 3.er Frentes Ucranianos del Ejército Rojo ascendieron a más de 167.000 efectivos, entre los que se incluyen casi 39.000 muertos en combate. A ellos, se suma la pérdida de unos 600 carros de combate, cañones de asalto y cazacarros, junto con 764 piezas de artillería.
Por otro lado, se estima que durante los combates defensivos en los que el Grupo de Ejércitos Sur fue expulsado de Hungría y del sector occidental de Austria, los alemanes sufrieron unas 30.000 muertes, junto con un número desconocido de heridos y desaparecidos. Además, los soviéticos afirmaron haber capturado a cerca de 130.000 soldados alemanes y húngaros durante dicha operación. Aunque esta cifra de prisioneros pueda ser algo exagerada, no cabe duda de que el desastre para el Grupo de Ejércitos Sur fue total.
